本光寺の歴史は、近江国（滋賀県）浅井郡の豪族であった木津三右衛門慰が康保2年（965年）、慈惠大師（比叡山延暦寺の中興の祖・木津一族出身）の直弟子となって證惠法印と名のり、天元3年（980年)に岡崎城大手門前に天台宗の寺院として創建したことに始まります。

歴代住職は、岡崎最古の神社として知られる稲前神社の別当職を務め、500石の領地に七堂伽藍の寺と神社が隣接して建てられていました。当寺の山号「稲前神領山（略して神領山）」は、これに由来します。

その後、天正18年（1590年）に始まる岡崎城の拡張計画により領地の立ち退きを余儀なくされ、慶長6年（1601年）、上青野町へ寺基を移しました。共に移転して寺の北側に建てられた稲前神社は明治維新まで本光寺により管理されてきましたが、後に榊宮神明宮と合併され、社殿の跡地は児童遊園地となっています。

応仁2年（1468年）、14代教圓は三河土呂（現福岡町）の本宗寺において本願寺8代蓮如上人の導きを受けて弟子となり、上人より法名「教順」を授かり天台宗から真宗へと転じました。

江戸幕府老中をつとめた岡崎藩主水野和泉守の寄進によって元禄年間に建立された山門は、当時一般の真宗寺院では許可されなかった楼門（二階建ての門）であり、その後文政10年に岡崎藩主本多忠考により再建されました。楼上には今も、水野和泉守より寄進された真宗独自の釈迦三尊像が安置されています。山門は国登録有形文化財と岡崎市景観重要建造物に指定されています。

明治27年に本堂・庫裏が全焼した後、大正2年に再建された本堂は東本願寺の影響を強く受け、普通は2本の向拝柱を格式高い4本とし、派手やかな柱上の組み物や木鼻の彫刻、欅の丸柱の多用、高い格天井、欄間の見事な彫刻、内陣上部の贅を尽くした工作などに特色があり、近代における真宗寺院の代表的な建造物として、山門と同じく国登録有形文化財と岡崎市景観重要建造物に指定されています。

平成31年から令和2年にかけて、門信徒の懇念により本堂並びに山門の大修復がなされ、令和4年5月4日、5日の2日間にわたり本堂・山門修復落慶法要並びに親鸞聖人750回御遠忌法要・蓮如上人500回御遠忌法要が厳修されました。開創以来1000年余の歴史を紡いできた古寺として、今に法灯を伝えています。